Pierwotnie był to kościół Zakonu Najświętszego Zbawiciela, założonego przez św. Brygidę Szwedzką. W latach 80. XX w. ówczesny proboszcz, ksiądz Henryk Jankowski, uczynił świątynię ośrodkiem walki z reżimem komunistycznym i miejscem wsparcia dla działaczy „Solidarności”. W Bazylice znajduje się szeroki na 10 i wysoki na 12 metrów – największy na świecie Bursztynowy Ołtarz.
Ołtarz zaprojektował prof. Stanisław Radwański, rektor gdańskiej Akademii Sztuk Pięknych, a wykonania podjął się pomorski artysta bursztynnik, Mariusz Drapikowski. Pierwsze elementy ołtarza – korony Madonny i Dzieciątka – poświęcił w 2001 r. papież Jan Paweł II. Ołtarz powstaje dzięki ofiarom pieniężnym i bursztynowi przekazywanemu przez wiernych.
W 1374 r. w Gdańsku zatrzymał się kondukt żałobny św. Brygidy Szwedzkiej. Sarkofag z relikwiami umieszczono w kaplicy pokutnic, która w późniejszym okresie została wkomponowana w bryłę kościoła klasztornego. W czasie II wojny światowej żołnierze radzieccy zniszczyli świątynię. Odbudowano ją dopiero w latach 70. XX w. – odzyskała dawną formę, jednak nie udało się odtworzyć wystroju wnętrza.
Atrakcje wewnątrz
