Muzeum Cywilizacji Europejskich i Śródziemnomorskich zostało otwarte w 2013 roku, w czasie gdy Marsylia pełniła rolę Europejskiej Stolicy Kultury. Znajduje się w nowoczesnym budynku stojącym na sztucznej wyspie na przedłużeniu tutejszego portu. Wystawa stała muzeum pokazuje różne aspekty cywilizacji śródziemnomorskiej i przenikanie się jej wątków od czasów starożytnych do współczesności.
Gdy Marsylia wygrała wyścig o Europejską Stolicę Kultury jej władze postanowiły odmienić oblicze miasta. Chodziło przede wszystkim o zerwanie z wizerunkiem Marsylii jako niebezpiecznego miasta portowego, w którym kultura zepchnięta jest na drugi plan. Główną częścią tych zabiegów była rewitalizacja terenów portowych. U podnóża fortu świętego Jana wybudowano MuCEM. Jego architekt Rudy Ricciotti mówi, że jest to budynek wydarty morzu i zbudowany z tego co oferuje śródziemnomorskie wybrzeże. Jego ażurowa fasada zachwyca szczególnie nocą, gdy jest podświetlona.
Trzonem Muzeum jest wystawa stała podzielona na 4 bloki tematyczne, Narodziny kultur rolniczych, Jerozolima, miasto trzech religii, Obywatelstwo i prawa człowieka oraz Poza znanym światem. Na wystawie zerwano z chronologicznym sposobem prezentacji eksponatów. Antyczne wazy i posągi sąsiadują tu z nowoczesnymi maszynami oraz filmami mówiącymi o aktualnych problemach krajów Śródziemnomorskich. Całość jest wielkim hołdem dla cywilizacji, która dała podstawy europejskiej tożsamości.