Kościół Niepokalanego Poczęcia Panny Marii i świętego Ignacego to dawny kościół klasztorny ojców jezuitów. Jest to barokowa budowla o dwuwieżowej fasadzie, wzorowana na włoskim kościele Il Gesu. Pod kościołem znajdują się katakumby, w których pochowano mieszkających w klasztorze zakonników.
Kościół został zbudowany w latach 1653- 1656. Jezuici przybyli do miasta Klatovy po bitwie pod Białą Górą. Ich misją było zachęcanie miejscowych mieszczan oraz szlachty do powrotu do katolicyzmu. Wraz z kościołem powstały też zbudowania klasztorne oraz kolegium, w którym nauki mogli pobierać synowie z miejscowych rodzin.
Kościół jest trójnawową bazyliką z transeptem. Nad fasadą umieszczono trójkątny tympanon. Wejście ozdobione jest kamiennym portalem. Wieże wieńczą smukłe hełmy. Od czasu przybycia do miasta jezuitów członkowie ich zakonu byli chowani w podziemiach kościoła. Dzięki systemowi kanałów wentylacyjnych stworzono tu warunki zapobiegające rozkładaniu się ciał. W późniejszych latach pochowano tu także przedstawicieli miejscowej szlachty, którzy przeszli na katolicyzm. Podziemia można obecnie zwiedzać, ale wiele ciał uległo rozpadowi po pracach z I połowy XX wieku, które doprowadziły do zatkania części kanałów wentylacyjnych.