W Muzeum Archeologicznym w Zagrzebiu można zobaczyć bogatą kolekcję artefaktów pochodzących z terenu Chorwacji, duża część ekspozycji to obiekty znalezione w okolicy Zagrzebia. Ciekawostkę dla zwiedzających stanowi mumia Liber Linteus z III w.p.n.e. oraz Lumbarda Psephisma, czyli inskrypcja z IV w.p.n.e. dotycząca założenia greckiej kolonii na wyspie Korčula.
Do cennych zabytków Muzeum Archeologicznego należą także greckie wazy, sprzęt wojskowy i posągi z czasów Cesarstwa Rzymskiego oraz jeden z największych w Europie zbiorów numizmatycznych.
Warte uwagi są zabytki etruskie, szczególnie Liber Linteus Zagrabiensis, czyli najdłuższy zachowany do dziś rękopis w języku Etrusków.
Znajduje się tu około 450 000 eksponatów, podzielono je na kilka działów, takich jak „Prehistoria”, „Egipt”, „Starożytność”, „Średniowiecze” oraz „Monety i medale”.