Jaskinia św. Antoniego zawdzięcza swoją nazwę kaplicy pod wezwaniem św. Antoniego, która znajduje się w jej wnętrzu. Jest ona częścią trasy turystycznej wiodącej wzdłuż promenady, która ciągnie się brzegiem kanału św. Antoniego. Sam kanał ma około dwóch kilometrów długości i sięga od mostu Szybenickiego do twierdzy św. Mikołaja.
Jaskinia św. Antoniego jest jedną z wielu geologicznych ciekawostek znajdujących się na wybrzeżu miejscowości Szybenik i wzdłuż kanału. Okoliczne jaskinie były dawniej często zamieszkiwane przez ludzi. Jaskinia św. Antoniego była też wykorzystywana przez pustelników, z których najsłynniejszym był Jeronim Detrico, arystokrata pochodzący z Zadaru. Zmarł on w 1615 roku i został pochowany w jaskini.
Mało kto wie, nawet wśród mieszkańców Szybeniku, że kanał oraz kaplica w jaskini nazwane zostały od pustelnika, świętego Antoniego Wielkiego (znanego również jako św. Antoni z Egiptu), a nie od bardziej znanego świętego Antoniego z Padwy.