W muzeum historii naturalnej zgromadzono ponad 10 tysięcy eksponatów. Obejmują one kolekcje zwierząt z obszaru Belgii i Europy, a także z różnych zakątków świata. Zbiory obejmują taksydermie i szkielety zarówno współcześnie żyjących zwierząt, jak i wymarłych gatunków, takich jak endemiczny kurobród nowozelandzki.
Wśród eksponatów znajduje się również szkielet Juliusa Kocha, jeden z dwunastu ludzi w dziejach medycyny, których wzrost przekraczał 2,40 m. Przed konieczną ze względu na gangrenę amputację kończyn mężczyzna mierzył 256 cm. Był też za swojego życia najwyższym Europejczykiem.
W zbiorach muzeum znajdują się przedstawiciele 635 gatunków ssaków oraz kilkaset gatunków ptaków. Ponadto zgromadzono tu obszerną bibliotekę przyrodniczą. Regularnie są tu także organizowane wystawy tymczasowe poświęcone m.in. różnorodności biologicznej czy rolnictwu.