Krypta cesarska jest miejscem pochówku zmarłych z dynastii habsburskiej i habsbursko – lotaryńskiej począwszy od 1633 roku. Mieści się w podziemiach Kościoła Kapucynów i jest zarządzana przez mnichów tego zakonu.
Krypta składa się z 10 pomieszczeń, w których znajduje się łącznie 146 sarkofagów. Cechuje je wysoka różnorodność - od bardzo bogatych do skromnych - oraz zmienne cechy architektoniczne. Do pierwszych zalicza się sarkofagi: Marii Teresy i Franciszka Lotaryńskiego, które są pełne rokokowych ozdób i symboli. Co ciekawe sarkofag ich syna Józefa jest prosty i skromny zgodnie z życzeniem cesarza.
Spoczęła tu także królowa Polski Eleonora Maria. W krypcie znajdują się również serca: Klaudii Felicyty Habsburg, Wilhelminy Brunszwickiej, a nawet Stanisława Potockiego, polskiego szlachcica i pułkownika.