Nowa Katedra w Linzu powstała z inicjatywy biskupa Franciszka Józefa Rudigiera. Pierwszy raz duchowny nawoływał do wybudowania jej w liście pasterskim z roku 1855, ostatecznie budowę rozpoczęto dopiero w 1862. Konsekracja Katedry Najświętszej Marii Panny nastąpiła 62 lata później, w 1924 r. Obecnie jest ona największym kościołem w Austrii.
Katedra, mimo początkowych planów, nie jest jednak najwyższym kościołem w kraju – o 2 metry wyższa jest Wieża Południowa Katedry św. Szczepana w Wiedniu. Zmiany w projekcie musiały zostać zmienione przez prawo, które za czasów Austro-Węgier stanowiło o tym, iż wieża nie może być wyższa od tej w Wiedniu.
Słynie ona ze swoich pięknych witraży, które poza walorami estetycznymi pełnią również funkcję upamiętnienia ważnych postaci i wydarzeń historycznych Linzu. W trakcie II wojny światowej wiele z nich uległo zniszczeniu i obecnie na ich miejscu zobaczyć można nowe dzieła, utrzymane w stylistyce współczesnej.