El Museo Geológico está ubicado en el segundo piso de un antiguo monasterio terciario en el distrito de Bairro Alto. A veces se le llama el "Museo en el Museo" porque su exhibición y equipamiento no ha cambiado desde sus inicios a mediados del siglo XIX. Presenta especímenes de minerales, fósiles a menudo de varios millones de años.
El museo fue establecido en 1857. Gran parte de su colección es la de los pioneros de la geología portuguesa, Carlos Ribeiro, Nera Delgado, Pereira da Costa y Paul Choffat. La exposición permanente cubre cuatro salas del monasterio. Están llenos de armarios de madera del siglo XIX. Puedes ver especímenes de minerales de todo el mundo, así como formas fosilizadas de vida antigua, como animales marinos, caracoles, mejillones o insectos incrustados en ámbar. También hay huesos de dinosaurios y animales fósiles descubiertos durante las excavaciones en Portugal.
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