El Museo Nacional de Arqueología presenta artefactos prehistóricos de excavaciones. Veremos aquí, entre otros exposiciones que documentan la prehistoria de las islas maltesas, hallazgos del período comprendido entre el 5200 aC, es decir, la época del primer asentamiento hasta el 2500 aC La segunda gran exposición presenta objetos del Neolítico temprano. El museo es famoso por las figurillas de terracota de miles de años de mujeres con formas exuberantes, encabezadas por el llamado Venus de Malta.
Las tumbas excavadas en la roca se han reconstruido en el museo, en referencia a los descubrimientos arqueológicos del Círculo de Piedra de Xagħra y el Hipogeo Safal Saflieni. De este último lugar proviene la famosa Venus durmiente, una figura de mujer con una cabeza desproporcionadamente pequeña y un cuerpo obeso, que descansa sobre una cama hecha. Probablemente se utilizó en rituales relacionados con el culto a la fertilidad.
El museo está ubicado en la antigua Posada Provenzal. Es uno de los ocho lugares de alojamiento en La Valeta, correspondientes a ocho "idiomas", es decir, grupos nacionales-territoriales en los Caballeros Hospitalarios (Orden de Malta), que gobernaron la isla desde la mitad del Siglo XVI al siglo XIX
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