La Iglesia de San Francisco de Asís es un templo barroco en La Valeta, fundado en 1681 por el Gran Maestre de los Caballeros Hospitalarios, Gregorio Carafa, cuyo escudo de armas aún se puede ver en la fachada del edificio. El templo actual fue erigido después de la demolición del anterior, que fue construido en 1607 durante el reinado del Gran Maestre Alof de Wignacourt.
La iglesia tiene una serie de pinturas que representan escenas de la vida de St. Francisco de Asís, de Mattia Preti, pintor barroco italiano extremadamente prolífico, que se instaló en Malta. Particularmente digno de mención es el "cuadro en el cuadro", que representa a la Madre de Dios con el Niño y a S. Grzegorz y un retrato de Gregorio Carafa.
La forma final fue dada a la iglesia por la reconstrucción en la década de 1920. El edificio fue ampliado y se añadió una cúpula. La mayoría de las decoraciones de la fachada se han conservado, incluida la histórica estatua de St. Francisco de Asís.
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