El museo fue inaugurado en 1860 y alberga la colección zoológica más grande de Italia. El núcleo de la colección consiste en exhibiciones recopiladas por el naturalista del siglo XVI Ulysses Aldrovandi y hallazgos de Cospi y Marsila recolectados en el siglo XVIII. Las exposiciones se enriquecen con dioramas que se expanden sobre temas individuales.
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