El Lugar de la Natividad de la Santísima Virgen María se encuentra en la cripta debajo de la Basílica de los Santos Joaquín y Ana. Ha sido venerado desde los primeros siglos del cristianismo. La basílica sobre la cripta es un edificio románico con una cúpula apoyada en pechinas. El lugar de nacimiento es una pequeña gruta excavada en la roca. En él hay un altar sencillo.
El lugar de la Natividad de María se ubicó al comienzo del cristianismo. Según la Biblia, estaba ubicado cerca del estanque de las ovejas, cuyos restos aún son visibles hoy. En el siglo V, se construyó aquí una basílica bizantina de la Natividad. Fue destruida en el siglo IX por musulmanes.
La iglesia fue reconstruida en el siglo X. Se le dio la invocación de los santos Joaquín y Ana, los padres de María. En 1192, los musulmanes lo tomaron y crearon una universidad sáfica inaccesible para los cristianos. A partir del siglo XV, los franciscanos pudieron celebrar aquí dos misas al año. La basílica no volvió a manos de la Iglesia católica hasta mediados del siglo XIX. Es una estructura de tres naves, terminada con tres ábsides. Hay una cúpula sobre el presbiterio. El interior es muy crudo, acabado en piedra. El descenso a la cripta del nacimiento está en el pasillo derecho.
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