El Museo San Isidro (Museo San Isidro) de Madrid fue inaugurado en 2000 por el entonces alcalde de la ciudad, José María Álvarez del Manzano. Alberga una exposición de 500.000 años de historia en Madrid y sus alrededores. Lleva el nombre del santo patrón de la ciudad.
La exposición se divide en tres partes principales: "Antes de Madrid", "Madrid", "San Isidoro". En la primera parte se pueden ver exhibiciones prehistóricas y conocer la historia de estas tierras antes de la aparición de las primeras construcciones urbanas. La segunda parte muestra el ascenso y desarrollo de la capital española. El último está dedicado al patrón de Madrid y la época en que vivió.
La exposición permanente del museo cubre un área de aproximadamente 600 m² en un edificio conocido como St. Isidoro. Se trata de una reconstrucción del edificio original, cuyos restos, junto con el patio renacentista y la capilla del siglo XVII, se pueden admirar en todo momento.
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