Der Ajuda-Palast wurde an der Stelle eines temporären Holzgebäudes errichtet, das nach dem Erdbeben und dem Tsunami von 1755 für die königliche Familie errichtet wurde. Ursprünglich wurde das Gebäude vom Architekten Manuel Caetano de Sousa im Spätbarock- und Rokokostil entworfen. Später wurden die Arbeiten jedoch den Architekten Francisco Xavier Fabri und José da Costa e Silva anvertraut. Ihr Entwurf zeigte ein Gebäude im neoklassizistischen Stil.
Aufgrund politischer Konflikte und finanzieller Probleme wurde der Bau des Palastes in mehrere Phasen unterteilt. Nach der Flucht der königlichen Familie nach Brasilien im Jahr 1807 und dem Einmarsch französischer Truppen in Portugal war die Arbeit viel langsamer als geplant. Das Projekt wurde dann von Fabri übernommen, gefolgt von Antonio Francisco Rosa. Der Mangel an ausreichenden finanziellen Mitteln verringerte den Umfang des Projekts erheblich. Letztendlich dauerte der Bau des Palastes, der 1796 begann, bis ins 19. Jahrhundert.
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