Das Kloster wurde 1560 gegründet und seine Gründung wurde mit dem portugiesischen Vizekönig von Indien, D. João de Castro, und seiner Familie in Verbindung gebracht. Ein Adliger hatte den Traum, genau an dieser Stelle eine christliche Kirche zu bauen. Seit 1910 ist das Kloster von Sintra als Nationaldenkmal anerkannt.
Die Hauptabsicht der Bauherren war eine perfekte Anpassung und Harmonisierung des Klosters mit der Natur. Zu Beginn lebten die Mönche in kleinen Zellen, die in den Felsen gehauen waren, und der gesamte Komplex besteht hauptsächlich aus kleinen Räumen in der gesamten Gemeinde. Das Kloster zeichnet sich durch extreme Bauarmut aus und wird aufgrund der weit verbreiteten Verwendung von Kork beim Bau, Schutz und der Dekoration der Anlage auch als "Korkkloster" bezeichnet.
Das Kloster der kleinen Kapuzinerbrüder ist weiterhin Teil der Sintra-Kulturlandschaft, die seit 1995 auf der Liste des UNESCO-Weltkulturerbes steht. Das asketische Franziskanerkloster wurde so gebaut, dass es nur minimale Auswirkungen auf die natürliche Umgebung hat, und sein schlichtes Design stand im Widerspruch zum Reichtum und der Größe von Sintra zu dieser Zeit.