St. Jacek ist Teil des Klosterkomplexes der Dominikanerväter. Obwohl es im Laufe der Jahrhunderte seines Bestehens viele Male beschädigt wurde, sind darin Elemente der alten Ausrüstung erhalten geblieben, einschließlich Kotowskis Kapelle von 1691-1694 und der Grabstein von Katarzyna Ossolińska geb. Kosińska von 1607.
Das Gebäude wurde im 17. Jahrhundert von den Warschauer Bürgern erbaut. 1603 erteilte der Bischof von Posen eine Baugenehmigung für eine Kirche und ein Kloster. St. Jacek, der der Patron des Tempels ist, war zweimal der Prior des dominikanischen religiösen Hauses.
Im 17. Jahrhundert litten die Bewohner des Klosters an einer Cholera-Epidemie. Während der schwedischen Sintflut wurden dort Verhandlungen zwischen den Gesandten von Karol Gustaw und dem Rathaus von Warschau über die Übergabe der Stadt geführt.
Während des Warschauer Aufstands wurde in der Kirche ein aufständisches Krankenhaus organisiert. Mehr als 1.000 Menschen starben im Untergrund infolge von Bombenangriffen und Artilleriegeschossen. Die Anlage wurde 1947-59 wieder aufgebaut.
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