Die Kirche und das angrenzende Kloster sind Teil des Franziskanerkomplexes. Trotz des Kriegsschadens sind im Tempel viele Elemente der alten Einrichtung erhalten geblieben: eine Barockkanzel, eine 43-stimmige Orgel aus dem Jahr 1925 und ein Gemälde von Matthias Kargen Die Stigmatisierung des hl. Francis.
Früher war der Standort der heutigen Kirche die erste Holzkirche der Franziskaner, die im 17. Jahrhundert nach Warschau kam. Sie wurde während der schwedischen Sintflut niedergebrannt. Der an seiner Stelle geschaffene Klosterkomplex veränderte seine Funktionen. Der zaristische Kindergarten für Kinder wurde im Kloster organisiert, und die Kirche wurde von Katholiken der russischen Armee genutzt. Die Franziskaner erlangten nach dem Ende des Ersten Weltkriegs die Kirche und einige Gebäude zurück, und in den übrigen Gebäuden befand sich das polnische Fiat-Werk.
Während des Zweiten Weltkriegs befand sich der Tempel am nordöstlichen Ende des Warschauer Ghettos. Es wurde nach dem Ausbruch des Warschauer Aufstands bombardiert. Die Seitenwände, der Altar des hl. Anthony und viele Barockmöbel.