Die St. Mary's Chapel, auch Stefan Batory Chapel genannt, befindet sich im östlichen Teil des Ambulanzraums rund um das Presbyterium der Wawel-Kathedrale. Die Kapelle aus dem 14. Jahrhundert wurde im 16. Jahrhundert auf Wunsch von Anna Jagiellon gründlich umgebaut. Es gibt einen Renaissance-Grabstein ihres Mannes Stefan Batory, und die Wände sind mit Polychromen aus derselben Zeit verziert.
1586 starb Stefan Batory in Grodno. Seine Frau Anna Jagiellonka brachte die Leiche ihres Mannes nach Krakau und befahl, sie in der Kapelle der Geburt der Jungfrau Maria, der St. Mary's Church, zu beerdigen. Im letzten Jahrzehnt des 16. Jahrhunderts wurde es auf ihren Wunsch in das Mausoleum von Stefan Batory umgewandelt. Die Arbeit am mehrstöckigen Grabstein der Renaissance wurde Santi Gucci anvertraut.
In der Kapelle wurde ein gotisches Kreuzrippengewölbe zurückgelassen, das jedoch mit Renaissance-Fresken bedeckt war. Auf den Fensterrahmen sind Fragmente eines früheren gotischen Polychroms erhalten. Der Grabstein des Herrschers nahm den zentralen Platz ein - eine Komposition, die die gesamte Wand nach dem Muster eines Triumphbogens bedeckt. Es wurde aus Alabaster, rotem ungarischem Marmor und Stein aus Pińczów hergestellt. Im Hauptfeld liegt die Figur von Stefan Batory, der von Personifikationen von Klugheit und Tapferkeit umgeben ist. Der Grabstein ist mit einem Tympanon mit Wappenkartuschen gekrönt.
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