Die zweistöckigen Sammlungen gehören zu den wertvollsten in Polen. Es gibt unter anderem Speer von st. Maurice, Kelch aus dem 12. Jahrhundert aus dem Grab von Bischof Moor, Reliquiar für den Schädel des hl. Stanisław, das Grabschwert von Zygmunt August, und der Krönungsmantel des letzten Königs von Polen, Stanisław August Poniatowski.
Während der Eröffnung des Museums spendete Karol Wojtyła auch eine Tasse aus Silber und Kokosnussschale, die der Legende nach Königin Jadwiga gehört. In der päpstlichen Halle finden wir auch zahlreiche Souvenirs (einschließlich vieler persönlicher Gegenstände) von Johannes Paul II. Das Museum wurde auch nach ihm benannt.
Das Kathedralenmuseum wurde am 28. September 1978 auf Initiative von Karol Wojtyła eröffnet, der zu dieser Zeit noch Kardinal war. Es befindet sich im ehemaligen Sitz des Erzdiözesanmuseums - dem Domhaus - auf dem Wawelhügel in Krakau.