Die Ausstellung des Museums ist eine Sammlung wissenschaftlicher Instrumente, Skulpturen, Gemälde und Grafiken, fotografischer Kunsthandwerksprodukte sowie Möbel aus dem 15. bis 20. Jahrhundert, die in historischen Innenräumen präsentiert werden. Bemerkenswert ist die Sammlung von Universitätszeptern ehemaliger Rektoren und der theologischen Fakultät. Zepter aus Silber, mit Edelsteinen eingelegt, sind Kunstwerke der Breslauer Goldschmiede.
Die Museumssammlung umfasst auch das ursprüngliche Interieur der Aula Leopoldina mit einem wunderschönen barocken Interieur mit einer Fülle von Wandfresken, Stuckornamenten und Skulpturen. Ebenso reich ist das im 18. Jahrhundert als Kapelle erbaute Oratorium Marianum, an dem die großen Meister der Kunst und Architektur beteiligt waren. Ergänzt wird das Museum durch den Mathematischen Turm, der heute als Ausstellungsraum dient und früher als astronomisches Observatorium diente. Heute gibt es eine Aussichtsplattform mit Panoramablick auf Breslau.