St. Franziskus in Zagreb wurde im 13. Jahrhundert als Teil eines Klosterkomplexes des Franziskanerordens erbaut. Das Innere verbirgt bis heute viele wertvolle Denkmäler der Sakralkunst, zum Beispiel einen neugotischen Altar mit einem Gemälde, das die Figur des hl. Francis von Celestin Medović und Glasmalerei von Ivo Dulcic.
Ursprünglich war das Gebäude im gotischen Stil, wurde aber während des großen Erdbebens 1880 zerstört. Durch Renovierungsarbeiten erhielt die Kirche eine neue Form, ihre Fassade weist heute Merkmale des neugotischen Stils auf.
Nach der lokalen Legende, St. Franziskus lebte einige Zeit in Zagreb und wohnte im Haus einer sehr wohlhabenden Witwe, die ihr Land für den Bau eines Klosters und einer dem Heiligen gewidmeten Kirche spendete.