San Giovanni in Conca ist die Krypta einer ehemaligen Basilika im Zentrum der Piazza Missori in Mailand. Es ist das einzige Beispiel einer romanischen Krypta, die bis heute erhalten ist. Über der Krypta befinden sich die Überreste der ehemaligen Apsis mit Arkaden. Archäologische Funde veranschaulichen die Geschichte der ehemaligen Kirche an diesem Ort. Die Überreste wurden in der Burg Sforza platziert. Die wichtigsten Exponate sind zwei Skulpturen aus dem 11. Jahrhundert, die die Verkündigung darstellen, Grabdenkmäler sowie romanische Hauptstädte und Fresken aus dem 14. Jahrhundert.
Die Basilika San Giovanni in Conca stammt aus dem 4. Jahrhundert und befand sich in einem Wohngebiet der antiken Stadt. Die Überreste des Mosaikpflasters dieses ursprünglichen Gebäudes befinden sich heute im Archäologischen Museum von Mailand. Die Kirche wurde schließlich 1949 abgerissen.
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