Церковь и прилегающий к ней монастырь являются частью францисканского комплекса. Несмотря на ущерб, нанесенный войной, в храме сохранились многие элементы старинной обстановки: кафедра в стиле барокко, орган с 43 голосами 1925 года и картина Матиаса Каргена « Стигматизация церкви Св. Фрэнсис.
Раньше на месте нынешнего костела была первая деревянная церковь францисканцев, пришедших в Варшаву в 17 веке, она была сожжена во время шведского потопа. Созданный на его месте монастырский комплекс изменил свои функции. В монастыре был организован царский ясли для детей, а церковь использовалась католиками из русской армии. Францисканцы вернули себе церковь и некоторые здания после окончания Первой мировой войны, а в остальных зданиях разместились польские заводы Fiat.
Во время Второй мировой войны храм находился на северо-востоке Варшавского гетто. Его разбомбили после начала Варшавского восстания. Однако боковые стены алтаря св. Антония и многие предметы обстановки в стиле барокко.