Санкт-Петербург Яцек является частью монастырского комплекса отцов-доминиканцев. Хотя за столетия своего существования он много раз пострадал, в нем сохранились элементы старого оборудования, в том числе Часовня Котовского с 1691 по 1694 год и надгробие Катажины Оссолиньской, урожденной Косиньской, с 1607 года.
Здание было построено в 17 веке варшавскими бюргерами. В 1603 году епископ Познани выдал разрешение на строительство церкви и монастыря. Санкт-Петербург Яцек, покровитель храма, был дважды настоятелем доминиканского религиозного дома.
В 17 веке жители монастыря пострадали от эпидемии холеры. Во время шведского потопа там велись переговоры между посланниками Кароля Густава и мэрией Варшавы о сдаче города.
Во время Варшавского восстания в церкви был организован повстанческий госпиталь. В результате бомбардировок и артиллерийских обстрелов в метро погибли более 1000 человек. В 1947-59 годах объект был реконструирован.