В музее хранится почти 19 000 ботанических, зоологических и геологических экспонатов. В коллекции музея также есть старые немецкие карты. Желающие могут принять участие в музейных уроках и лекциях по естествознанию.
На выставке представлены образцы дермопластов рептилий, млекопитающих, птиц и рыб. В коллекции 900 таких предметов. В дополнение к постоянной выставке под названием Организуются временные выставки «Животные Вармии и Мазур», представляющие виды животных со всего мира.
Интересным фактом об Ольштынском музее является гербарий немецкого ботаника Ганса Штеффена. В гербарии собраны разные экземпляры растений на 460 листах. Любители загадочного мира насекомых останутся довольны посещением музея, богатая энтомологическая коллекция позволит им лучше узнать свое царство.