Синагога - единственная церковь в Кракове, где верующие иудейской веры регулярно молятся. Кладбище, расположенному в его окрестностях, насчитывает около 500 лет, а самые старые зарегистрированные захоронения относятся к 1551 году. Это также место паломничества евреев со всего мира, приходящих к могиле Моисея Иссерлеса, умершего в 1572 году.
Мойжеш был сыном купца Иссерлы бен Юзефа, который основал для него синагогу с согласия самого Зигмунта Августа в 1556 году. Первоначально деревянное здание храма, которое было разрушено во время пожара два года спустя, было перестроено в кирпичную версию. Здание эпохи Возрождения несколько раз перестраивалось, теряя свой первоначальный облик.
Вторая мировая война нанесла серьезный ущерб, когда храм использовался как склад и склад оружия. В 1958-1968 годах синагога была отремонтирована и реконструирована. Интересен тот факт, что при раскопках 1960-х годов на пустом участке было обнаружено более 700 засыпанных землей надгробий XVI - XIX веков, украшенных еврейскими орнаментами. В настоящее время на этом месте находится 711 исторических надгробий.