Склепы одного из старейших и ценнейших церквей Подкарпатья - это уникальный музей и сакральное пространство, в котором была представлена выставка «Подземный собор как некрополь перемышльских епископов и мирян». Здесь находятся мощи святых, саркофаги одиннадцати епископов, а также принадлежащие им богослужебные облачения и кольца. Здесь же находится мавзолей епископа Александра Фредро, который в 1728-1732 годах придал собору форму барокко. Сохранившиеся фрагменты старых стен - ощутимый след многовековой истории храма. Самым древним памятником сводов являются стены романской ротонды св. Николая XI-XII вв.
Подвал, открытый в 2014 году, занимает площадь 470 м². Их появление - результат реконструкции, которая произошла после великой катастрофы 1733 года, когда обрушился свод недавно отстроенной церкви. В 1960-х годах было обнаружено существование ротонды. В 2011 году начались масштабные ремонтно-профилактические работы в частично затопленных и заглубленных склепах.