El Palacio de Ajuda fue construido en el sitio de un edificio de madera temporal construido para la familia real después del terremoto y tsunami de 1755. Originalmente el edificio fue diseñado en estilo barroco tardío y rococó por el arquitecto Manuel Caetano de Sousa. Sin embargo, posteriormente el trabajo fue confiado a los arquitectos Francisco Xavier Fabri y José da Costa e Silva. Su diseño representaba un edificio de estilo neoclásico.
Debido a conflictos políticos y problemas económicos, la construcción del palacio se dividió en varias etapas. Después de la fuga de la familia real a Brasil en 1807 y la invasión de las tropas francesas en Portugal, el trabajo fue mucho más lento de lo planeado. El proyecto pasó luego a manos de Fabri, seguido de Antonio Francisco Rosa. La falta de recursos financieros suficientes redujo significativamente la escala del proyecto. Finalmente, la construcción del palacio, que comenzó en 1796, duró hasta el siglo XIX.
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