La colección del museo de la iglesia incluye obras de arte sacro, arte antiguo y arte contemporáneo polaco. Hay más de 20.000 exhibiciones, como recuerdos del primate Stefan Wyszyński y artículos relacionados con las estancias de Juan Pablo II en Varsovia. La exposición permanente presenta, entre otros, una colección de xilografías de Albrecht Dürer, así como obras de Jan Matejko, Stanisław Wyspiański y Jacek Malczewski.
El museo fue fundado en 1938. En ese momento, su sede estaba en ul. Canonjía. Los alemanes se llevaron las exhibiciones más valiosas después del Levantamiento de Varsovia, y el edificio fue completamente quemado. Por iniciativa de Stefan Wyszyński, la institución se reactivó y en 1980 recibió una nueva sede en el antiguo edificio del monasterio en la Iglesia de la Santísima Trinidad. Durante la ley marcial, los grupos artísticos operaban aquí.
En 2016, la instalación comenzó a operar en su sede actual.
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