La iglesia y el monasterio contiguo forman parte del complejo franciscano. A pesar de los daños causados por la guerra, muchos elementos del antiguo equipamiento se han conservado en el templo: un púlpito barroco, un órgano de 43 voces de 1925 y una pintura de Matthias Kargen La estigmatización de St. Francis.
Anteriormente, el sitio del actual templo fue la primera iglesia de madera de los franciscanos que llegaron a Varsovia en el siglo 17. Fue incendiada durante el Diluvio sueco. El conjunto del monasterio creado en su lugar cambió sus funciones. La guardería zarista para niños se organizó en el monasterio, y la iglesia fue utilizada por católicos del ejército ruso. Los franciscanos recuperaron la iglesia y algunos de los edificios después del final de la Primera Guerra Mundial, y el resto de los edificios albergaba la planta polaca de Fiat.
Durante la Segunda Guerra Mundial, el templo estaba ubicado en el extremo noreste del gueto de Varsovia. Fue bombardeada después del estallido del Levantamiento de Varsovia. Sin embargo, las paredes laterales, el altar de St. Anthony y muchas piezas de mobiliario barroco.
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