El Museo Misionero-Ornitológico en Kodeń es un museo sacro-natural ubicado en el edificio en la puerta del monasterio. Hay dos salas de exposiciones en el interior. El primero presenta recuerdos traídos por los monjes de misiones y huevos de muchas especies de aves. En la segunda sala se exhibieron objetos y obras de arte sacro. En el sótano del santuario hay criptas con ataúdes de personas que se asociaron con la ciudad y una exhibición de sus figuras de cera.
En la primera sala hay principalmente souvenirs traídos por misioneros de diferentes países del mundo. Incluyen elementos de vestuario, instrumentos musicales y artículos cotidianos. La exposición se enriqueció con una exposición de huevos de aves. En la segunda sala, entre otros, se presentaron casullas antiguas, cálices, libros, imágenes de Nuestra Señora de Kodeń, pero también monedas y billetes antiguos.