Las colecciones de dos plantas se encuentran entre las más valiosas de Polonia. Hay, entre otros lanza de st. Maurice, cáliz del siglo XII de la tumba del obispo Moor, relicario del cráneo de St. Stanisław, la espada de la tumba de Zygmunt August y el escudo de coronación del último rey de Polonia, Stanisław August Poniatowski.
Durante la inauguración del Museo, Karol Wojtyła también donó una copa hecha de plata y cáscara de coco, que, según la leyenda, pertenece a la reina Jadwiga. En la sala papal también podemos encontrar numerosos recuerdos (incluidos muchos objetos personales) pertenecientes a Juan Pablo II. El museo también recibió su nombre.
El Museo de la Catedral fue inaugurado el 28 de septiembre de 1978 por iniciativa de Karol Wojtyła, quien todavía era cardenal en ese momento. Se encuentra en la antigua sede del Museo de la Arquidiócesis, la Casa Catedral, en la colina de Wawel en Cracovia.
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