La sinagoga es la única iglesia de Cracovia donde los fieles de la fe judía celebran regularmente sus oraciones. El cementerio ubicado en sus alrededores tiene unos 500 años, y los entierros más antiguos registrados datan de 1551. También es un lugar de peregrinación para judíos de todo el mundo, que llegan a la tumba de Moisés Isserles, fallecido en 1572.
Mojżesz era hijo del comerciante Isserla ben Józef, quien fundó una sinagoga para él con el consentimiento del propio Zygmunt August en 1556. Inicialmente, el edificio del templo de madera, que fue destruido en un incendio dos años después, fue reconstruido en una versión de ladrillo. El edificio renacentista fue reconstruido varias veces, perdiendo su carácter original.
La Segunda Guerra Mundial causó graves daños, cuando el templo se utilizó como almacén y almacén de armas. En los años 1958-1968, la sinagoga fue renovada y reconstruida. Un dato interesante es que durante los trabajos de excavación realizados en la década de 1960, se descubrieron en un terreno baldío más de 700 lápidas cubiertas con tierra de los siglos XVI al XIX, decoradas con ornamentos judíos. Actualmente, hay 711 lápidas históricas en este lugar.
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