El Museo de Anatomía de la Universidad Jagiellonian se encuentra en el edificio Theatrum Anatomicum. Se han reunido en tres salas más de 2.000 preparaciones de diversas partes del cuerpo humano. Los más antiguos proceden de principios del siglo XIX.
Los primeros preparativos se llevaron al Departamento de Anatomía a principios del siglo XIX desde Viena. Se convirtieron en el inicio de una colección que se fue ampliando paulatinamente a lo largo de los años. Es el museo anatómico más antiguo de Polonia, y su colección actual también lo ubica entre las instituciones más grandes de este tipo.
La exposición cubre tres salas. Las exhibiciones se dividen según las partes del cuerpo que cubren. Las preparaciones locales más antiguas, realizadas en su mayoría personalmente por el patrón de la sala, Ludwik Teichman, se exhiben en una sala separada.
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