El Jardín Botánico es el más antiguo de su tipo en Polonia. Las plantas tropicales se alojan en invernaderos. Las colecciones externas son: plantas bíblicas, plantas protegidas, plantas ornamentales, plantas acuáticas, plantas medicinales y otras plantas útiles, Alpinarium, Arboretum, Sistemática vegetal y Biología vegetal. También hay una estación meteorológica y un antiguo observatorio astronómico.
El Jardín Botánico se estableció en 1783 en el sitio del antiguo jardín familiar Czartoryski, propiedad de los jesuitas desde 1752. Inicialmente, el área del jardín era de aproximadamente 2,4 ha y fue diseñado como un parque barroco francés. Hoy cubre un área de 9,6 ha.
En los años 1788-1792, se construyó el edificio del Observatorio Astronómico, conocido como Śniadecki Collegium. Alberga hoy el Instituto de Botánica de la Universidad Jagellónica. Las colecciones de plantas tropicales están disponibles en tres invernaderos: Victoria, Jubilee y Dutch.