S t. Miguel Arcángel y San. Stanislaus el obispo y mártir, comúnmente conocido como Skałka, es una iglesia de los Padres Paulinos de Cracovia relacionada con los edificios del monasterio. Es un templo barroco de tres naves, erigido en los años 1731-1752. Se debe prestar especial atención al monumental altar principal con una pintura de Tadeusz Kuntz que representa la lucha entre Miguel Arcángel y Lucifer y el hermoso púlpito de Wojciech Rojowski, que se apoya en las imágenes de los cuatro evangelistas. En las naves laterales encontramos capillas diseñadas por Antonio Solari, relacionadas temáticamente con la historia del templo y la orden.
Según la leyenda, en el lugar donde ahora se encuentra la iglesia, San Bolesław Szczodry murió a manos de St. Stanisław, obispo de Cracovia y uno de los principales mecenas de Polonia. Desde 1089, su cuerpo descansa en la catedral de Wawel, pero es Skałka el lugar de su culto. En el patio se encuentra el famoso estanque de San Estanislao, que, según los informes, cura las enfermedades de la piel y los ojos.