El Museo Nacional de Historia Natural está ubicado en un palacio del siglo XVIII construido por el Gran Maestre de los Caballeros Hospitalarios Antonio Manoel de Vilhena. El museo presenta exposiciones de muchos campos, dedicados, entre otros, a Geología y paleontología maltesas y la flora y fauna del mar Mediterráneo. El orgullo de la colección es el calamar más grande jamás capturado en la costa de Malta.
El museo era propiedad de los llamados Goodwill Moon Rock: un fragmento de la roca lunar, traído por la misión espacial Apolo 17. El presidente de los Estados Unidos, Richard Nixon, donó en 1973 las migajas de roca a todos los países del mundo, incluida Malta. La piedra lunar de $ 5 millones fue robada en 2004 por perpetradores desconocidos.
En el museo, puede ver las ricas colecciones de insectos, conchas y pájaros. Los lugares típicos de ocurrencia de especies particulares se presentan en los dioramas. La instalación también tiene una colección de varios cientos de rocas y minerales, presentados en bruto y procesados (adornos, joyas y artículos de utilidad).
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