El Museo Wignacourt es una instalación magnífica con tres niveles abiertos a los visitantes. El más bajo, subterráneo, es principalmente la Gruta de St. Paul y un laberinto de pasillos y cementerios de la época púnica, romana y cristiana. En la planta baja se encuentran las salas administrativas y un jardín. En las salas de exposiciones del primer piso, entre otras, una impresionante colección de pinturas (Mattia Preti, Antoine Favray, Francesco Zahra) y objetos de culto, incluido el relicario de St. Mateo el evangelista y una copia de la Sábana Santa de Turín.
Las exposiciones del Museo Wignacourt también exhiben una rica colección de platería de los siglos XVI al XIX, madera, alabastro y esculturas de bronce, mapas y monedas. Un dato interesante es el altar portátil que se utiliza para celebrar la misa de los caballeros que sirven en las galeras.
La gruta donde St. Se suponía que el apóstol Pablo vivía en el 60 d.C. durante su viaje de la corte a Roma, que se hizo famosa y un lugar de peregrinaje ya en el siglo XVII. Fue gracias a los esfuerzos del Gran Maestre Alof de Wignacourt, en cuyo honor lleva el nombre del museo actual.
