El Museo de Historia Natural se inauguró en 1889. Las colecciones están presentadas principalmente por las colecciones de los monarcas austríacos. Estos incluyen, pero no se limitan a, fósiles, conchas, corales, minerales y piedras preciosas. También hay una colección de animales salvajes y un jardín botánico.
Las exhibiciones más antiguas provienen de la colección de Johann von Baillou, quien las compró a Franz I, el esposo de Teresa Habsburg. El museo alberga 39 salas con exposiciones, que incluyen exposiciones geológicas, mineralógicas, antropológicas, petrográficas, de historia de la evolución y de dinosaurios. Las exhibiciones más interesantes incluyen 115 kg de cuarzo ahumado, extraído en el siglo XIX del glaciar Trefen en Suiza, meteoritos, esqueletos de dinosaurios, restos de personas (gemelos) de hace 27.000 años y un trozo de basalto de la Luna.
En el primer piso hay una sala dedicada a la microfauna. En las salas contiguas se exhiben animales en diferentes etapas de evolución: esponjas, moluscos, insectos, artrópodos y varios vertebrados.
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