La cripta imperial es el lugar de enterramiento de los muertos de las dinastías Habsburgo y Habsburgo-Lorena de 1633. Está ubicado en el sótano de la Iglesia Capuchina y es gobernado por los monjes de esta orden.
La cripta consta de 10 habitaciones con un total de 146 sarcófagos. Se caracterizan por una gran variedad, desde muy rica a modesta, y características arquitectónicas variables. Los primeros son los sarcófagos de María Teresa y Franciszek Lorraine, que están llenos de decoraciones y símbolos rococó. Curiosamente, el sarcófago de su hijo Józef es sencillo y modesto, como pidió el emperador.
La reina de Polonia, Leonor Maria, también está enterrada aquí. La cripta también alberga los corazones de Klaudia Felicyta Habsburg, Wilhelmina Brunszwickiej e incluso Stanisław Potocki, un noble y coronel polaco.
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