La colección del Museo Arqueológico Nacional se centra en el origen de los habitantes del norte de Alemania y la historia de la propia ciudad de Hamburgo. La instalación tiene una de las colecciones arqueológicas más grandes del norte de Alemania. La instalación también alberga la Biblioteca del Museo Arqueológico, que es la más grande de su tipo en la parte norte del país.
La exposición permanente presenta el desarrollo cultural e histórico de la gente del norte de Alemania durante 200.000 años. Las exhibiciones se dividen en seis áreas: alimentos, materiales y herramientas, innovación, movilidad, violencia y muerte. La parte de la planta baja de la exposición está estilizada como un paisaje de excavación, lo que la convierte en el principal atractivo para niños y adolescentes. Las piezas incluidas en la exposición incluyen el pastel conservado más antiguo de Europa, restos de plantas y objetos del Mesolítico o Edad del Hierro, así como cráneos y tumbas.
Una solución interesante es también el estilo de las salas de los museos que se refieren al tema de una exposición determinada, como las salas que parecen interiores de cuevas con pinturas o una sala que representa la Edad de Hielo hecha de 25.000 cubitos de hielo.